然而，由于建武新政权对广大武士阶层采取防范政策，引起各地武士的不满和失望。1335年7月，足利尊氏奏请天皇封他为征夷大将军，未获，愤然离京。次年5月，足利军在凑川大败朝廷的新田义贞军和楠木正成军，攻入京都。8月，足利尊氏拥持明院统丰仁亲王为光明天皇。12月，后醍醐天皇逃入吉野山，并在此再次即位，称为“南朝”，并称京都方面的北朝为“伪朝”。日本进入长达50多年的南北朝时代。

    在南北朝时代，虽然北朝的持明院统居住在京都，然而，象征天皇神权的“三神器”――八咫镜、坂琼曲玉和草剑却在南朝大觉寺统手里。因此，虽然幕府拥立北朝，但是北朝却并不能算是“正统”。

    1392年，在将军足利义满（就是《聪明的一休》里面的那个将军，）的调停下，南朝的后龟山天皇将“三神器”交予北朝的后小松天皇，自己进入京都大觉寺当了上皇。然而，足利义满并没有兑现自己的诺言，即并没有实行“两统迭立”的方案。虽然大觉寺统后龟山天皇的后代们发现上了当，但是为时已晚。于是从后小松天皇开始，历代的天皇均为持明院统的嫡系后代，而大觉寺统的皇族们再也无缘染指皇位。

    虽然自藤原氏以来，天皇皇权便已旁落到摄政关白或是幕府将军手中，但使天皇的政治地位跌落至谷底的，是日本历史上最后一个幕府――江户时代德川幕府。

    1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等均需征得幕府的同意。《法度》中唯一保留天皇权力的条文只有第八条：天皇有权按“本朝先规”决定年号。于是，无论是形式上还是实际上，皇室的权力完全被幕府所剥夺。

    1853年，随着培理舰队的到来，日本锁了两百年的国门被坚船利炮敲开。日本历史的年轮转到了被称为“幕末”的时期。随着倒幕派的烽起，孝明天皇的去世，德川幕府统治走到了尽头。1868年1月，末代将军德川庆喜交出政权，孝明天皇之子睦仁继承皇位，改年号为“明治”，同时发布“王政复古”诏书。从此，天皇重新回到了政治舞台的中心。

    1868年11月，明治天皇将都城由京都迁往江户，同时将江户改名为东京。迁都东京后，明治政府大张旗鼓地开始了资产阶级改革，这就是日本历史上重要的“明治维新”。明治维新以后的日本，不再是任由列强欺辱的封建小国，而是本身成为了帝国主义列强之一。对沙皇俄国的宣战以及取得日俄战争的最后胜利，使日本的野心急速膨胀，最终走上了军国主义道路。

    1926年，大正天皇没，皇太子裕仁登基，改年号“昭和”。昭和时代初期，日本军国主义的侵略扩张大规模展开。1931年（昭和6年）秋，“九一八”事变爆发，日军侵占我国东北。1937年（昭和12年）7月7日，日军挑起“芦沟桥事变”，发动全面侵华战争，抗日战争爆发。同年12月13日，侵华日军占领南京，发动长达6周、惨绝人寰的“南京大屠杀”，约30多万中国军民惨死在侵略者的屠刀之下。1941年（昭和16年），日军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。这一系列战争，给中国、朝鲜、东南亚及太平洋地区的人民带来地狱般的灾难，同时，日本人民也承受着战争所带来的苦难。而昭和天皇裕仁，对于这一系列战争的发动有着不可推卸的责任。1945年（昭和20年）8月15日，日军投降。美军占领日本，改日本专制天皇制为君主立宪制，天皇作为日本的象征被保留下来。

    1989年1月7日清晨，昭和天皇去世，前半段伴随着战争的阴影，后半段构建了日本繁荣

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