后期，凡是他认为比较重要的，他都会给予批复，至于那些留中不发的上疏，大多本就没有给予回复的必要，即使批复了也不过是徒然引起不必要的争吵漫骂，空耗精力而已。即便是认为万历“以皇帝的身份向臣僚作长期的消极怠工”，“以顽强的意志和臣僚们作持久的对抗”[p79]的黄仁宇也不得不承认万历大部分情况下仅仅是对那些递补职位空缺，以及沽名买直，搬弄是非，动辄抗议漫骂的上疏不加批示，“除了不理上述性质的文件以外，他照常批阅其他奏疏。也就是说，他的消极怠工，放弃自己的职责，是有所选择的”。

    至于樊树志在晚明史中更是说“神宗在此后的二十多年中，处理朝政的主要方式是透过批阅奏疏，发布谕旨来进行。他始终牢牢地掌握着朝廷的大政方针，这从‘万历三大征’的全过程可以看的很清楚。”[p633]

    另外从明史和明神宗实录的记载来看，即便到了万历四十年以后，在某些人嘴巴中怠政的高峰时期，神宗对于应该批复的奏疏以及应该挽留的官员都是毫不含糊的加以批复和挽留的，比如《明史.列传第一百十三》中关于赵焕的传记中提到万历四十年以后的情形

    “然是时朋党已成，中朝议论角立。焕素有清望，骤起田间，于朝臣本无所左右，

    顾雅不善东林。诸攻东林者乘间入之。所举措往往不协清议，先后为御史李若星、

    给事中孙振基所劾。帝皆优诏慰留之。……”

    “明年春，以年例出振基及御史王时熙、魏云中于外。三人尝力攻汤宾尹、熊廷

    弼者，又不移咨都察院，于是御史汤兆京守故事争，且诋焕。焕屡疏讦辩，杜门不

    出，诏慰起之。”

    “兆京以争不得，投劾径归。其同官李邦华、周起元、孙居相，及户

    部郎中贺交章劾焕擅权，请还振基等于言路。帝为夺诸臣俸，贬官以慰焕。焕

    请去益力。九月，遂叩首阙前，出城待命。帝犹遣谕留。”

    上面的摘录中，“帝皆优诏慰留之”，“诏慰起之”，“帝为夺诸臣俸，贬官以慰焕”，“帝犹遣谕留”等记载随处可见，和某些人把万历丑化成什么都撒手不管的皇帝，只“将大臣奏章‘留中’不发，就是既不批示，也不发下”显然是不相容的，可以说又给这些人一记耳光。

    即便到了万历临死前的几年，身体状况已经严重恶化的时候，他依然尽力批复奏疏，比如当时言官弹劾首辅方从哲的时候，万历还下谕安慰告诉他不必对言官弹劾太在意“方今国家多艰，须卿鸿猷匡济，共图化理，岂可以浮言坚欲求去”。而当“方从哲称病在家”，导致内阁无人办事，神宗还派人到方府宣谕“辅臣方从哲速出视事”，当方从哲希望皇帝出面到文华殿召开会议的时候，神宗由于身体确实无法支撑（这个时候离他逝世已经不远了），他特地“派文书官到内阁传谕，因疾病缠身，无法出席文华殿会议，希望大臣谅解”[那个阎崇年对此事的记载是“大学士方从哲上疏，希望皇帝能够出御文华殿，召集文武百官，讨论御敌方略。结果这个请求依旧如泥牛入海，留中不报，没有回音”，这个阎崇年大概已经撒谎成性了]。

    当然也不必否认，对许多奏疏，万历也确实常常留中不发，不予回复。但这也并非没有理由。万历和那些文官打了四十多年的交道，深知这些人的脾气。如果这些文官想要做的事情，你就算再怎么不让他们去做，他们最终也会去做，如果这些文官不认可不想做的事情，你就算再怎么严厉回复批示让他们去做，他们照样给你明皇庄的建立过程、数量、地理分布以及正德以来所产生的巨大危害，并建议取消皇庄，还田于民，以消除由皇庄所引发的各种社会弊端。”

    “明世宗接到夏言的奏疏，下旨曰：‘各宫庄

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